隨身碟格式化的意思是把隨身碟清空刪除裡面的所有檔案，使隨身碟回復到最初未使用時的狀態，隨身碟出廠一般都是預設FAT32格式，如果格式化的時候把預設的FAT32轉為NTFS、EXFAT或其他格式，會把自帶的主控程式全部刪除，這樣就會出現隨身碟讀取不到的現象(也就是說隨身碟就無法使用了)，所以如果需要格式化一定要選回預設的FAT32格式(如果預設是這個格式)。
隨身碟格式化的檔案系統類型有三種：
※FAT32格式：
是最早出現普偏新舊款電腦都通用的格式，相容性佳，但只能支援單一檔案大小容量為4GB，所以若儲存單一個檔案容量超過4GB時，複製檔案到一半就出現錯誤訊息無法儲存成功了。

※exFAT格式：
它沒有單一檔案容量4GB限制，所以要存單個檔案容量4G以上的建議改成exFAT格式。
雖然大多數Windows和Mac作業系統相容，但較舊的作業系統可能需要進行更新或如 Windows XP需要驅動程式才能正確讀取和寫入具有exFAT檔案系統的隨身碟，同樣作業系統的電腦裝置，穩定性仍不完善，可能會發生其中一作業系統能夠讀取而另一作業系統則無法讀取的情況發生。

※NTFS格式：
日誌功能、無檔大小限制、支援檔案壓縮和長檔名等，它能對使用者的操作進行記錄，透過對使用者許可權進行非常嚴格的限制，但因NTFS分割槽是採用”日誌式”的檔案系統，因為要記錄詳細讀寫操作所以對隨身碟會造成較大的負擔，比較容易損壞，Mac、Linux作業系統只能讀取NTFS檔案，需另外下載軟體才能寫入檔案，因此相容性功能非常差。